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上海城隍庙历来由正一派道士任住持来管理庙宇。明代永乐中，金山神庙改建成为上海城隍庙时，殿左为映苞堂即是供奉历代住持的所在。自抗日战争以前，上海城隍庙内存有历代住持手册，以记载城隍庙历代的住持道士。但是，在抗日战争中，上海城隍庙作为难民区，接收上海难民，庙内情况混乱，住持手册也在这时候遗失。上海城隍庙现在可考的住持有：清嘉庆年间住持庄楚珍；道光、咸丰年间住持张静薌，琴棋书画无一不通，留下了著作《琴学入门》《闲云吟草诗集》；1913年由火神庙进入上海城隍庙成为住持的罗克裕；罗克裕的弟子许丽生，1966年“文化大革命”开始，许丽生被解除上海城隍庙住持的职务，上海城隍庙由道士任住持管理的制度暂时告一段落。
1994年，在上海市各级领导的关心下，上海城隍庙落实宗教政策恢复开放，7月7日，上海市道教协会假座豫园商城绿波廊酒家举行新闻发布会，宣布成立以上海市道教协会会长陈莲笙道长为主任，苏宗赋道长，张文希道长为副主任，以古建筑专家陈从周，著名学者胡道静，笑星王汝刚，电影表演艺术家秦怡等二十三人为委员的上海城隍庙修复委员会，负责城隍庙的修缮事宜，并且随后成立上海城隍庙修复委员会办公室，负责城隍庙修复的日常工作。
1996年4月29日，鉴于上海城隍庙土木修复工程基本结束，上海城隍庙修复委员会完成其使命，遂成立由陈莲笙道长为主任，吉宏忠道长为副主任，刘巧林道长为组员的上海城隍庙管理委员会，带领庙内教职人员共同管理庙内事务。
2001年，为了加强对庙内事务的管理，充实上海城隍庙管理委员会领导班子，上海城隍庙管理委员会进行了增选，决定推选陈莲笙道长为管理委员会主任，吉宏忠道长为常务副主任，刘巧林道长为副主任，周旭道长为成员的新的上海城隍庙管理委员会。
庙务管理委员会下设七个部，负责庙内具体工作：
宗教活动部：负责在庙内开展各项道教科仪活动，以科仪活动为途径，加强庙与信徒的联系。
防火安全部：负责庙内防火安全工作，以保障庙宇安全。
法物流通部：从事法物流通工作，为信徒服务，增加城隍庙经济收入。
宣 道 部：在信徒中开展各种宣教活动，增加信徒与城隍庙的联系，提高信徒的道教信仰水平，更好的团结信教群众，为社会主义建设服务。
财 务 部：管理庙内各项财务工作。
接 待 部：处理庙内各项接待事宜。
后 勤 部：负责庙内物资采购、保管和供给。
上海城隍庙管理机构成员列表：
住持：陈莲笙 上海市道教协会名誉会长 上海城隍庙管理委员会主任
上海城隍庙管理委员会：
陈莲笙 上海市道教协会名誉会长 上海城隍庙管理委员会主任
吉宏忠：上海市道教协会副会长 上海市道教协会秘书长 上海城隍庙管理委员会常务副主任
刘巧林：上海市道教协会副秘书长 上海城隍庙管理委员会副主任
周 旭：上海市道教协会理事 上海城隍庙管理委员会成员
管理委员会下设七个部，管理庙内工作事务：
宗教活动部： 主 任：田旭东 副主任：凌功勤
防火安全部： 主 任：刘巧林 副主任：赵玉明
法物流通部： 主 任：周 旭 副主任：贡荣俊
宣 道 部：主 任：吉宏忠 副主任：李 纪
财 务 部：主 任：刘巧林
接 待 部：主 任：吉宏忠 副主任：李 纪
后 勤 部：主 任：周 旭
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